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Recursos de Software

 

Sección de biología

La siguiente lista de programas/paquetes es una muestra del software especializado para resolver problemas biologicos.  

NombreDescripción
Augustus Programa que predice genes de eucariotas. 
Beagle Paquete de software que realiz llamada y eliminación gradual del genotipo además de la imputación de marcadores no genotipados.
Beast Programa multiplataforma para el análisis bayesiano de secuencias moleculares utilizando método de monte carlo basado en cadenas de Markov 
BEASTGen Este paquete contiene un programa sencillo para transformar datos de un formato a otro 
Blast Encuentra las regiones de similitud entre secuencias biológicas. El programa compara tanto nucleótidos como proteínas calculando la significancia estadística.
Blat Es una herramienta de alineamiento parecida a blast, su principal diferencia es el aumento en la velocidad de computo a reduciendo la profundidad de la homología.
Bowtie2 Herramienta de alineamiento rápida para secuencias largas. Funciona con secuencias de 50 a 100 o 1000 pares de bases.  
BWA Paquete de software para mapeo de secuencias con baja divergencia contra un genoma de referencia grande como el genoma humano
CD-Hit Programa muy rápido usado para la agrupación y comparación de secuencias de nucleótidos y proteínas. 
EMBOSS Software versátil que recibe datos en multitud de formatos y que los analiza de múltiples maneras
ESTIMATE_GENOME_SIZE Encuentra el tamaño del genoma.
FastQC Herramienta para el control de calidad de secuencias
Fastx_Toolkit Conjunto de herramientas por línea de comandos para realizar un pre procesamiento de secuencias en formato FASTA o FASTQ.  
FreeBayes Detector de variantes genéticas bayesianas diseñado para encontrar polimorfismos  de un solo nucleótido, inserciones, deleciones y polimorfismos de múltiples nucleótidos
GAPFILLER Programa autónomo para cerrar huecos (Gaps) dentro del andamio de pre ensamblado.
GCC Colección de compiladores GNU. Realizar tareas como identificar archivos objeto, obtener el tamaño para copiar, traducir o crear listas, enlazar o quitar símbolos innecesarios. 
GENEID Programa diseñado con una estructura jerárquica para predecir  genes en secuencias genómicas anónimas. 
GeneMark-ESL Familia de programas de búsqueda de genes. 
MIRA Ensamblador de secuencias, mapeador de genoma completo por el método de shotgun y secuenciador de datos de EST/RNASeq. Puede usar datos de Sanger, Illumina, 454 y IonTorrent. 
Muscle Programa de alineamiento múltiple, permite alinear cientos de secuencias en cuestión de segundos. 
PLATANUS Ensamblador que puede reconstruir secuencias genómicas de diploides altamente heterocigotos a partir de datos de secuenciación masiva paralela por shotgun.
QIIME Herramienta de código abierto para la realización de análisis de microbiomas usando datos secuenciados de ADN crudo.
QUAST Herramienta de evaluación de calidad mediante el cálculo de diferentes métricas proporcionando informes eficientes. 
Spades Algoritmo para el ensamblaje genómico  el cual fue diseñado para grupos de datos de bacterias unicelulares o multicelulares. No funciona con genomas grandes. 
Raxml Programa para secuenciación paralela de máxima verosimilitud basado en la inferencia de grandes árboles filogenéticos. 
Tophat Identificador rápido para cruces de unión de exones en lecturas de RNASeq.
Trimmomatic Usado en línea de comandos para realizar diferentes tipos de limpieza de manera simultánea.
Velvet Paquete de algoritmos diseñado  para lidiar con el ensamblaje de novo del genoma y el alineamiento de secuencias cortas. 

Sección de ingeniería y física

La siguiente list de programas/paquetes es una muestra del software especializado para ingeniería. 

NombreDescripción
Cloog Software gratuito y librería que genera códigos para escanear Z-poliedros
CNS_SOLVE Programa diseñado para proporcionar un enfoque jerárquico multinivel flexible para los algoritmos más usados en la determinación de estructura macromolecular. 
COPE_SRC Método para alinear y conectar un par secuenciado.
CPMD Código que utiliza la teoría funcional de densidad para el ab-initio de la dinámica molecular. 
Groomacs Paquete versátil para realizar dinámica molecular, simula las ecuaciones de Newton del movimiento para sistemas con cientos de millones de partículas 
GSL Biblioteca científica GNU.  Proporciona una amplia gama de rutinas matemáticas. 

Lenguajes y software estadístico

NombreDescripción
Python Lenguaje interpretado el cual usa tipado dinámico multiplataforma.
Matlab Herramienta de software matemático que ofrece un entorno de desarrollo integrado con un lenguaje de programación propio.
R Software gratis para análisis estadísticos y generación de graficas.